（1）实验分室

生态环境研究院下设6个实验分室，包括废水处理与循环利用实验室、固废处理与循环利用实验室、土壤改良与生态修复实验室、生物质炭研制与应用实验室、环境微生物实验室、新型肥料实验室。

（2）仪器设备

生态环境研究院拥有ICP-MS、台式扫描电子显微镜、流动分析仪、高效液相色谱仪、傅里叶红外光谱仪、总有机碳分析仪、元素分析仪、微波消解仪、原子吸收仪等大型精密仪器。

（3）研究基地

研究院非常重视科研成果的实际应用推广。目前，研究院已建立校内综合示范基地、富阳碱性土壤重金属生物质炭修复基地、富阳酸性土壤重金属生物质炭修复基地、桐乡生物质炭改良基地、桐庐生物质炭治理农田退水氮磷污染研究基地、衢江区冷浸田生物质炭改良基地、舟山滩涂地生物质炭改良基地、乐清盐碱地生物质炭改良基地、金华生物质炭-沼液联用示范基地、开化沼液-生物质炭联用示范基地、绍兴一景牧业废弃物资源化利用示范基地、临安大明山重金属生物质炭修复基地。